spettrometria di massa (MS MALDI-TOF) è una tecnica relativamente nuova, in cui un co-precipitate di una matrice di assorbimento di luce UV e un biomolecola  irradiata da un impulso laser  di nanosecondi. La maggior parte dell’energia laser viene assorbito dalla matrice, che impedisce la frammentazione indesiderati della biomolecola. Le biomolecole ionizzati vengono accelerati in un campo elettrico  e inserite in un  tubo di volo. Durante il volo in questo tubo, diverse molecole sono separati secondo la loro massa di caricare il rapporto e raggiungere il rivelatore in momenti diversi. In questo modo ogni molecola produce un segnale distinto. Il metodo è utilizzato per il rilevamento e la caratterizzazione di biomolecole, come le proteine, peptidi, oligosaccaridi e oligonucleotidi, con masse molecolare tra 400 e 350.000 Da. È un metodo molto sensibile, che consente il rilevamento di bassa (10^-15 10^-18 mole) quantità di campione con una precisione di 0,1 – 0,01%.)

La sorgente MALDI è una sorgente ad impulsi: non genera un flusso continuo di ioni, ma una grande quantità di ioni in pochissimo tempo.

Questa sorgente necessita di un particolare analizzatore, l’analizzatore a tempo di volo (TOF = time of flight).

Questo analizzatore misura il rapporto m/z degli ioni sulla base del tempo che essi impiegano ad arrivare al detector

L’analizzatore TOF è un tubo rettilineo di 50-100 cm. Ad un’estremità del tubo c’è un campo elettrico, che accelera gli ioni provenienti dalla sorgente.

Gli ioni attraversano poi una regione rettilinea senza campo.

Gli ioni sono sottoposti tutti allo stesso campo elettrico, e assumono la stessa energia cinetica.Gli ioni più piccoli arrivano al rilevatore in un breve lasso di tempo rispetto agli ioni più massicci .Separate le frazioni che arrivano all’estremità del tubo vengono rilevate da un registratore appropriato che produce un segnale all’impatto di ciascun gruppo di ioni . I dati digitalizzati generati da colpi successivi laser sono sommati producendo uno spettro di massa TOF. Lo spettro di massa TOF è una registrazione del segnale rivelatore in funzione del tempo. Il tempo di volo per una molecola di massa m e z carica di viaggiare questa distanza è proporzionale (m/z) 1/2. Questo rapporto, t ~ (m/z) 1/2, può essere usata per calcolare la massa di ioni.